Die immunologische Diagnostik befasst sich mit der Bestimmung eines umfassenden Analysenspektrums für organspezifische Autoantikörper bei häufigen, aber auch selteneren Autoimmunerkrankungen mit Beteiligung von Magen, Darm, Leber, Pankreas, Herz, Niere, Lunge, Haut, Nebenniere, Nervensystem oder Muskeln mittels indirekter Immunfluoreszenz (IFT), Enzymimmunoassay (ELISA) und Immunoblot. Zum Nachweis von systemischen Autoimmunerkrankungen, wie Rheumatoider Arthritis, Kollagenosen, Antiphospholipid-Syndrom oder ANCA-assozierten Vaskulitiden, erfolgt eine spezifische Labordiagnostik.