Restriktionsfragment-Längenpolymorphismus (RFLP)

Eine RFLP-Analyse wird heutzutage in der molekularbiologischen Diagnostik nur noch selten mit genomischer DNA durchgeführt, sondern ist nahezu ausschließlich einer PCR nachgeschaltet. Sie dient im wesentlichen zur Bestätigung der Identität von PCR-Produkten oder zur Determinierung von Punktmutationen bzw. genetischen Prädispositionsfaktoren bei Patienten und ihren Familienangehörigen und Verwandten ersten Grades.

Mit diesem Verfahren erfolgt nach einer initialen PCR und einer darauffolgenden Behandlung ("Verdau") der PCR-Produkte mit speziellen Restriktionsenzymen der Nachweis eines veränderten Schnittmusters der amplifizierten Genfragmente. Restriktionsenzyme sind in der Lage, hochspezifisch die Abfolge bestimmter Basensequenzen (i. d. R. 4 – 8 Basenpaare) zu erkennen und den DNA-Doppelstrang innerhalb dieser Sequenz zu durchtrennen. Durch einen Basenaustausch im Rahmen eines Einzelnukleotid-Polymorphismus oder einer Punktmutation kann es folglich zur Entstehung oder zum Verlust einer Restriktionsschnittstelle kommen, wodurch sich nach der Restriktionsenzymbehandlung die Länge der DNA-Fragmente unterscheidet. Diese Fragmente lassen sich nach der elektrophoretischen Größenauftrennung in einer Gelmatrix (Gelelektrophorese) durch Anfärbung mit einem Fluoreszenzfarbstoff unter UV-Beleuchtung darstellen.

Ein Alternativverfahren, welches zunehmend die RFLP-Analytik in der molekularbiologischen Diagnostik bei großen Serienlängen ersetzt, ist die reverse Hybridisierung.